Do zakresu działania Biura Ochrony Informacji Niejawnych należy:

1. prowadzenie spraw związanych:
   1. z realizacją zadań Ministra wynikających z przepisów ustawy z dnia 22 stycznia 1999 r. o ochronie informacji niejawnych,
   2. z ochroną informacji niejawnych w Ministerstwie, w szczególności z:
      • administrowaniem systemami teleinformatycznymi klasy "TEMPEST",
      • prowadzeniem Punktu Łączności z NATO, w tym z nadzorem nad funkcjonowaniem systemów szyfrowych: poczty elektronicznej NATO, łączności telefonicznej NATO oraz łączności telekopiowej "BERYL",
      • współudziałem w przygotowywaniu projektów umów międzynarodowych w zakresie ochrony i wymiany informacji niejawnych,
   3. ze zmianą klauzul tajności i udostępnianiem materiałów innych niż operacyjne,
   4. z przygotowywaniem projektów decyzji Ministra dotyczących zwalniania z obowiązku zachowania tajemnicy państwowej i służbowej w sprawach innych niż operacyjne funkcjonariuszy i pracowników cywilnych pełniących służbę lub zatrudnionych w Ministerstwie oraz w organach i jednostkach organizacyjnych podległych Ministrowi lub przez niego nadzorowanych,
   5. z udostępnianiem sądom i prokuraturom materiałów operacyjnych oraz zwalnianiem z obowiązku zachowania tajemnicy państwowej i służbowej w tym zakresie funkcjonariuszy i pracowników cywilnych pełniących służbę lub zatrudnionych w Ministerstwie oraz w organach i jednostkach organizacyjnych podległych Ministrowi lub przez niego nadzorowanych;
2. prowadzenie kancelarii tajnych:
   1. Kancelarii Tajnej Krajowej i jej Oddziałów,
   2. Kancelarii Tajnej NATO, UZE i UE;
3. kontrola i szkolenie pracowników Ministerstwa w zakresie przestrzegania przepisów ustawy z dnia 22 stycznia 1999 r. o ochronie informacji niejawnych w komórkach organizacyjnych Ministerstwa;
4. zapewnienie realizacji zadań Ministra jako właściwego organu administracji rządowej w sprawach podległych archiwów wyodrębnionych w dziale sprawy wewnętrzne;
5. wykonywanie zadań archiwów zakładowych dla działów administracja publiczna, informatyzacja, a także wyznania religijne oraz mniejszości narodowe i etniczne;
6. prowadzenie ewidencji osób upoważnionych do przetwarzania danych osobowych w komórkach organizacyjnych Ministerstwa.

Jednostki podrzędne:

• Kancelaria Tajna Ministerstwa
• Kancelaria Tajna NATO, UZE i UE 
• Wydział Bezpieczeństwa Teleinformatycznego
• Wydział Kontroli Ochrony Informacji Niejawnych i Postępowań Sprawdzających
• Wydział Ochrony Fizycznej Informacji Niejawnych
• Wydział - Centralne Archiwum