Do zakresu działania Departamentu Zdrowia należy:

1. prowadzenie spraw związanych z nadzorem założycielskim Ministra nad samodzielnymi publicznymi zakładami opieki zdrowotnej, w tym:
   1. związanych z nadawaniem, zmianą i uchylaniem statutów oraz zatwierdzaniem regulaminów organizacyjnych zakładów opieki zdrowotnej,
   2. przeprowadzaniem kontroli i oceny działalności zakładów opieki zdrowotnej, w szczególności w zakresie:
      • realizacji zadań statutowych,
      • prawidłowości gospodarowania mieniem,
      • gospodarki finansowej,
   3. związanych z funkcjonowaniem rad społecznych działających przy zakładach opieki zdrowotnej,
   4. dotyczących postępowań konkursowych na stanowiska, o których mowa w § 12 rozporządzenia Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 19 marca 2008 r. w sprawie zakładów opieki zdrowotnej utworzonych przez ministra właściwego do spraw wewnętrznych,
   5. związanych z przyjmowaniem i rozpatrywaniem skarg na działalność zakładów opieki zdrowotnej;
2. wykonywanie zadań z zakresu medycyny pracy, programów zdrowotnych i promocji zdrowia, których realizacja należy do Ministra;
3. prowadzenie spraw związanych z nadzorem Ministra nad Państwową Inspekcją Sanitarną Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji;
4. organizacja zintegrowanego ratownictwa medycznego i służby krwi w zakładach opieki zdrowotnej Ministerstwa;
5. prowadzenie spraw związanych z udzielaniem świadczeń zdrowotnych osobom uprawnionym na podstawie ustawy z dnia 31 lipca 1981 r. o wynagrodzeniu osób zajmujących kierownicze stanowiska państwowe;
6. prowadzenie spraw związanych z uzgadnianiem kandydatów na członka Rady Narodowego Funduszu Zdrowia oraz kandydatów na stanowiska kierowników komórek organizacyjnych do spraw służb mundurowych w centrali i oddziałach wojewódzkich Narodowego Funduszu Zdrowia;
7. sprawowanie nadzoru nad merytoryczną działalnością komisji lekarskich podległych Ministrowi;
8. prowadzenie spraw dotyczących kształcenia podyplomowego i doskonalenia zawodowego lekarzy i lekarzy dentystów zatrudnionych w zakładach opieki zdrowotnej Ministerstwa;
9. gromadzenie i opracowywanie danych statystycznych dotyczących działalności zakładów opieki zdrowotnej Ministerstwa.

Jednostki podrzędne:

• Wydział Ekonomiczny
• Wydział Ochrony Zdrowia
• Wydział Organizacyjno Prawny
• Wydział Polityki Zdrowotnej
• Zespół Centralnej Komisji Lekarskiej i Medycyny Pracy
• Samodzielne Stanowisko do Spraw Kontroli